C конца XVIII века среди адыгов стал распространяться ислам, и для черкесогаев (черкесских армян) возникла угроза потери национальной религии. В конце 1836 года они обратились к начальнику Кубанской линии генерал-майору барону Г. Ф. фон Зассу с просьбой «принять их под покровительство России и дать им средства поселиться вблизи русских». В 1839 году поселение черкесогаев переместилось ближе к устью реки Уруп. Этот год считается официальной датой появления нового города. Аул с трёх сторон был окружён глубоким рвом в 2,5 метра шириной и валом. С четвёртой стороны протекала река Кубань, ставшая естественной границей Армавира. Границы поселения несколько раз изменялись в связи с тем, что с гор переселялись всё новые и новые семьи. В первые годы в ауле обосновалось 120 семей, а к 1840 году их количество увеличилось до четырёхсот. Помимо горских армян в поселении проживало несколько сотен крепостных горцев (в 1859 году их было 753 человека). Жизнь черкесогаев на новом месте протекала по тем же законам родового быта, которого они придерживались в горах. Селение было разбито на кварталы, в которых селились семьями, вышедшими из одних и тех же аулов. И хотя предки поселенцев покинули Армению ещё в XIV веке, новое селение они назвали в 1848 г. Армавир, в честь города Армавир — столицы Армении в IV—II вв. до н. э. В 1875 году через Армавир была проложена Владикавказская железная дорога. В 1876 году аул получил статус села. С 1888 года Армавир являлся центром Лабинского отдела Кубанской области. В 1908 году было начато строительство Армавир-Туапсинской железной дороги. 23 марта (5 апреля) 1914 года «Высочайше утверждённым положением Совета министров» село было преобразовано в город. В период Гражданской войны и военной интервенции 1918—1922 гг. в районе города происходили ожесточённые бои, власть в городе трижды менялась. 16 марта 1920 г. 2-й Таманский полк 7-й Кавказской дивизии под командованием Чурсина вошёл в город, в Армавире была окончательно установлена Советская власть. Со 2 июня 1924 года по 20 июня 1936 года город был центром Армавирского района, одновременно до 23 июля 1930 года Армавир являлся центром Армавирского округа Северо-Кавказского края. 7 августа 1930 года город был отнесён к категории городов краевого подчинения. С 2005 года Армавир — центр муниципального образования «Город Армавир».